电影叙述，未来世界因为核战污染，导致人类出现了基因突变的变种人。同时地球也因为污染过度，造成许多怪兽横行肆虐。于是保卫地球免于怪兽蹂躏的办法，就是让变种人组成的地球防卫军，出马对抗怪兽。然后在一个风和日丽的日子，天空出现了巨大的不明飞行物体，原来是「X星人」。他们带来征服怪物的法宝，却把人类逐一洗脑。唯一不被他们洗脑的就只有「哥斯拉」，变成怪物大战外星人。